為因應社會及產業多元化發展，並鼓勵學生有系統的修習跨領域課程，增加多元學習之機會，本校於88年1月5日發布通過「國立臺灣海洋大學學程設置準則」。本校各教學研究單位得視其教學研究發展需求，設置具有整合性之跨院、系（組）、所學分學程或學位學程。103年10月統計本校有34個跨領域學分學程，以及中學、小學教育學程提供給本校學生修習。

本學院設有生物技術學程（89學年成立）、海洋生物多樣性學程（92學年成立），有6點特色：

1. 本學院學程已取消「修習申請」的階段，只要取得「足夠的學分」即可以申請「證書」。
2. 凡本校大二以上學生均可修讀，學程有許多課程與學系可以同時抵免，不影響學生本科系之畢業學分。
3. 學生修畢學程規定的24學分數就可以申請學程證書，不限定應屆畢業生。截止106學年度結束，已分別有171人（生技學程）、197人（海生學程）取得證書。
4. 若未能在大學畢業前取得證書資格，並不影響學生畢業資格。學生可以選擇放棄學程證書或在本校就讀研究所時繼續修讀學程之課程，以取得學程證書。
5. 學程證書每年8月開放申請，隔年4月及7月辦理審查，申請時間自由且充裕。

※海洋生物多樣性學程自108學年度起即不再受理修習申請，預計110學年度結束本學程。