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食科系成立於民國46年，以教學生物資源有效利用之技術與理論，培育食品產業各領域之技術、研究、管理人才為宗旨，大學部之教學以基礎養成教育與專業訓練為主，研究所之授課則以獨力研發與邏輯思考為教學導向。
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養殖系成立於民國63年，以培養水產養殖科技人才，提升國內水產養殖技術與學術水準為宗旨，發展水產養殖科技之理論與實務，並培育學生成為水產養殖與生物科技之專門技術與研發人才為目標。
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生科系於103年由生命科學系、生物科技研究所整併而成，以(1)培育學生生命科學基礎知識與應用科技人才為宗旨；(2)研究所以深化學術專業，培養研發與獨立思考之能力為導向。
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海生所成立於民國80年，教育目標在積極培育更多基礎海洋生物之高級研究人才來投入海洋生物分類、生態、生活史、演化、資源狀況與保育等各方面之研究，才能使目前國內海洋生物及海洋生態環境得以振衰起蔽。
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食安所於106學年度開始招生，強調科學管理食品，強化風險溝通、保障民眾健康，培育具備食品安全與風險管理能力之專業人才。
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海洋生技系於106學年度開始招生，教學目標在培養學生具備「基礎理論之專業力與分析力」、「國際化與產業觀之洞察力」、「海洋生物科技調查研究知實證與實作力」、「海洋生物政策與產業發展之規劃力」、「海洋生物相關產業之就業力、學習力與調適力」等五大核心能力。
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海洋生技博士學程於104學年度開始招生，培育以更宏觀角度進行資源開發與應用之高階研發人才，並訓練學生將相關知識有效轉化成創業軟實力，達到真正綠色海洋永續產業發展的目標。
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