本學院研究領域為(1)水生生物生理生態與生物多樣性、(2)魚蝦貝類病理、(3)環境適應和內分泌調控、(4)水域生物技術、(5)水產繁養殖、(6)食品科學、食品加工與食品安全、(7)資源利用與水產活性物質開發。
本學院暨系所設有生物技術教學與研究中心、陸生動物實驗中心、水生動物實驗中心、電子顯微鏡教學中心、食品工業研究與服務中心、水產品產銷履歷驗證暨檢驗中心等6個研究中心。
為使本校教師從事動物實驗、感染性生物實驗、基因重組實驗有所依據,本學院特依據科技部、衛生福利部、農業委員會相關法規成立跨學院之「實驗動物照護及使用委員會」、「生物安全委員會」,審查並監督本校教師動物及生物實驗之申請案,提供相關實驗之建議及訓練。